2003年9月，深圳中学开始实行导师+辅导员制，尝试教学班与行政班相脱离。一般每个班级安排两名导师，每位导师负责该班级半数学生个体的基础管理与教育工作。

在传统行政班的基础上，深圳中学实行单元制管理，将高中部每个年级20个班分为7个单元，每个单元组建单元内阁，由单元主席、副主席、团总支书记、学代会委员等组成。单元制的意图很明显，就是实现由“班级人”向“学校人”角色转变。

与此同时，学校还成立了由4名拥有教育学、心理学硕士学位的老师组成的学生辅导中心，并开设“专家门诊”，为学生提供心理辅导、选课指导、生涯规划、自我管理与自我发展能力规划指导等。

两位教师的争论

深中的教育模式从一开始，就存在认识上的分歧，特别是在教师之间。

一位老教师毫不隐瞒自己的观点：他认为这场改革总体来说是两头热中间冷，学校领导班子尤其是校长和学生这两头热，而教师反应比较冷淡，有许多老师是反对的。

这位老教师认为，课改走班制最大的坏处就是砍掉了中国教育文化。“教”和“育”是不能切开的，但走课的方式把老师和学生都当成了加工器，学生和老师就是买卖知识的关系，没有“育”的关系。

“我们现在学生不是没有自由而是过于纵容学生的个性发展了，甚至广播体操学生都可以不做，这怎么行呢?现在有些学生根本就不把老师放在眼里，这种情况下还要让学生给老师打分，评价老师，哪个老师还敢用规范约束你，对学生不良行为只能装作看不见，省得打低分。”