厉有为于1996年在中央党校学习的时候，就将大国区域经济如何协调发展当作了主要研究对象。厉有为分析，否定经济特区实行特殊政策的观点，是出于市场经济需要公平竞争的理念：全国要统一为一个市场，就要全国统一一个政策，不允许地区政策倾斜。

而通过深入研究，厉有为也对特区与特殊政策的关系理解得更加透彻。厉有为说，对于一个发展很不平衡的大国来说，应采取产业政策倾斜和地区政策倾斜相结合的政策。中国很大，地区之间经济发展水平、自然条件、历史背景千差万别，采取“一刀切”的政策，是绝对行不通的，历史上的教训太深刻了。

经济特区的设立，就是为了作试验，因为它离港澳近，离海外近，适合作社会主义市场经济体制的实验。如果成功，就在全国推广;不成功，对全国损失也不大。建特区在中国经济体制转折阶段非常必要，由于肩负着改革试验田的使命，中央才赋予了一些特殊政策。

虽然曾经为留住特区的特殊政策鼓与呼，厉有为却坦言，取消优惠税率对深圳经济影响并不大。首先，政策有5年过渡期;其次，高科技企业仍然享受15%的优惠税率;第三，深圳已经有了一定的经济基础，“有点风吹草动也没什么影响”。厉有为表示，提政协提案的出发点是从政治考量。优惠税率等特殊政策，对深圳初期发展的重要性，不能低估。特区发展之初，优惠税率起到了至关重要的作用。全国的税率是33%，只有特区是15%，吸引了外资，促进了发展和改革试验。

如何以新的特殊政策，来推动特区发展，继续为改革开放贡献经验，厉有为也有新的思考。他向全国政协提交提案，建议在环渤海经济区、长三角地区、深圳特区等地建立保税特区。

厉有为认为，取消优惠税率以后，特区的优惠政策一项都没有了，“特区不特了”，只保留了外壳。可国家还在继续往前探索，再深化改革的路子该怎么走，都要考虑。他建议，保税特区的功能主要是进一步增强我国的国际竞争力，保税特区应该具备高端装备制造业的引进、研发、生产和销售功能;高端服务业的集聚功能;国际物流的枢纽功能;生产要素的集散功能和对内地的强大的辐射功能，从而带动全国的发展。